Desa Karekan sebenarnya berawal dari Dusun Kauripan sebagai tempat pertama kewilayahan. Namun, seiring waktu, Dusun Kauripan tidak mampu lagi menampung rumah-rumah yang semakin banyak. Akhirnya, warga mulai mencari tempat baru dan menemukan wilayah yang bagus untuk pemukiman, yang kemudian diberi nama Desa Karekan.

Tidak berhenti sampai di situ, seiring berjalannya waktu, banyak warga yang mencari wilayah baru di sekitar Karekan. Suatu ketika, beberapa orang menemukan batu yang berbentuk seperti payung. Karena letaknya yang strategis dan tanahnya subur untuk buah-buahan, maka dibangunlah pemukiman yang diberi nama Dusun Watu Payung.

Kemudian, suatu saat di Desa Karekan terjadi perpecahan. Beberapa orang yang suka berkelahi dan berselisih dengan pemimpin mengakibatkan kondisi wilayah tidak kondusif. Akibatnya, beberapa orang yang suka menentang kebijakan pemimpin kala itu memilih untuk mencari wilayah baru, tetapi masih dekat dengan Karekan. Mereka menemukan suatu wilayah di dekat Sungai Merawu. Karena orang-orang tersebut mempunyai jiwa arogansi yang tinggi dan suka dengan kekerasan, maka wilayah baru tersebut mereka beri nama Dusun Tempuran.

Akhirnya, terbentuklah Desa Karekan yang memiliki 5 dusun: Karekan Wetan, Karekan Kulon, Kauripan, Watu Payung, dan Tempuran.

Desa Karekan merupakan sebuah desa yang terletak di sebelah utara Kecamatan Pagentan, berjarak 7 km dari kecamatan dan 37 km dari Kabupaten Banjarnegara. Desa Karekan ini mempunyai 5 dusun yaitu Dusun Karekan Wetan, Dusun Karekan Kulon, Dusun Tempuran, Dusun Watu Payung, dan Dusun Kauripan, sekaligus memiliki 21 RT dan 5 RW.

Kepemimpinan di Desa Karekan, menurut opini dan informasi dari sesepuh desa, telah dipimpin oleh 14 kepala desa, antara lain:

1. Ki Wangsadarma (Tidak diketahui)
2. Ki Menta Dikara (Tidak diketahui)
3. Ki Parta Pawira (Tidak diketahui)
4. Eyang Chadikara (Tidak diketahui)
5. Eyang Marta Pawira (Tidak diketahui)
6. Eyang Kartamiarja (Tidak diketahui)
7. Mbah Sukartadikara (Tidak diketahui)
8. Bapak Suhardi (1988-1998)
9. Bapak Soepono (1998-2007)
10. Bapak Soepono (2007-2013)
11. Bapak Santoso (PJ Kades) (4 Bulan/2013)
12. Bapak Khamim (2013-2019)
13. Bapak Santoso (PJ Kades) (6 Bulan/2019)
14. Bapak Saman (2020-2025)